O CERNAS tem como órgãos o Coordenador Científico, o Conselho Científico e o Conselho Consultivo, e está organizado em 5 áreas de investigação.

A actividade do CERNAS é orientada pelo Coordenador Científico, que assegura a liderança científica e é também responsável pelas actividades de gestão.

Essas funções serão asseguradas num segundo mandato pelo Doutor Fernando Páscoa.

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