O Conselho Científico é constituído por todos os elementos doutorados do CERNAS, e compete-lhe eleger o Coordenador Científico de entre os seus membros para mandatos de três anos, definir a política de investigação e formação do CERNAS, aprovar protocolos de colaboração com outras entidades de investigação científica, bem como aprovar e supervisionar a partilha da aplicação dos recursos e equipamentos existentes no CERNAS.

A apreciação do plano, do relatório de actividades anuais e do orçamento da unidade, a elaboração de pareceres e decisões sob proposta do Coordenador Científico, tal como decidir sobre a admissão de novos membros e apreciar e deliberar sobre propostas de criação, modificação, divisão, aglutinação ou extinção de áreas de investigação fazem igualmente parte das suas atribuições.
 

Para além dos elementos doutorados que integram o Conselho Científico, são ainda elementos da unidade de investigação outros investigadores com formações e qualificações diversas.

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